此后一段时间，在凯南的主持下，美国制定了一个全新的媾和设想，其基点已完全从“大国合作”转为“美苏对抗”。1948年3月25日，凯南提出了关于美国对日政策的建议，其中包括美军在和约后继续留驻日本，坚持在美国的监督下重新武装日本等新方针。[12]在凯南的推动下，国务院倾向于认为，美国对日政策的根本目的“是要将稳定的日本纳入亲美的太平洋地区经济体系中去，成为追随美国政策的值得信赖的盟国”，从而主张推迟媾和，缔结和约的性质亦非惩罚性的，且不必非有苏联和中国参加。这些内容被纳入了经杜鲁门总统批准的国家安全委员会第13／2号文件（1948年10月9日），成为美国对日媾和的基本国策。[13]

此期，苏联始终坚持在1945年达成的协议框架内谈论对日和约的问题。为对抗美国，斯大林不得不向中国国民党政府表示友好。在1947年11月伦敦外长会议上，苏联建议于翌年1月在中国召开专门的外长会议，讨论起草对日和约的问题。[14]1948年6月，苏联驻华大使罗申向国民党政府透露，将与中国代表进行谈判，其目的在于以中苏条约为基础，努力改善双方关系。如中国政府对此问题有意，苏方愿采取一系列经济、政治方面的友好政策，包括“与中国共同研讨对日政策”。[15]在1949年5月23日举行的巴黎外长会议上，苏联代表团又提出了关于确定召开有中国参加的、讨论对日和约条款的会议日期的建议。6月20日，苏联再次重复了这个建议。美国对这些建议却根本不予理睬。[16]

就在对日媾和问题因美苏意见对立而陷入僵局的时候，中国的局势发生了重大变化。到1949年夏天，共产党取代国民党掌握中国政权已是大势所趋。美国的亚洲政策一时间迷失了方向，在对日和约问题上也表现出犹豫不决，特别是在新中国建立后，分歧、争论充斥白宫和五角大楼，1949年12月形成的美国国家安全委员会第48号文反映了这种状况。所谓“等待尘埃落定”的对华方针，以及“在西方实行战略进攻，在东方实行战略防御”的基本概念，不过是体现了华盛顿决策者面对其亚洲政策的失败，既要寻找借口，又要进行补救的复杂心态。[17]看似形成统一意见的美国亚洲新方针，并没有消除决策层内部在对华政策和对日政策方面的对立主张。

分歧主要来自美国军方和国务院。关于对华政策，五角大楼坚持认为必须保卫台湾这一重要的军事战略基地，不能让共产党政权占为己有；国务院则提出核心的问题是“防止中国成为苏联的附庸”，如果能以台湾换取中国新政权脱离莫斯科的控制，美国在亚洲岂非取得了比直接控制台湾更为明显的战略优势？[18]关于对日政策，军方人士认为既然美国要在远东对苏联保持战略守势，就应该把日本作为对抗苏联的缓冲国，推进日本经济复兴，减缓赔偿要求，允许日本拥有最低限度的军备，同时在和约中规定美国有权占领冲绳、琉球各岛和横须贺的海空军基地。为了约束苏联和中国的行动自由，必须由包括苏联在内的所有交战国签署对日和约，实现全面媾和。在所有这些条件尚未成熟之前，应推迟媾和进程，以免“减弱美国在日本的势力”，并因此建议杜鲁门暂时不再授权讨论和约问题。外交人员的看法恰恰相反，他们主张早日媾和，以尽快结束对日占领，从而平息“日本人与日俱增的不满和反抗”，保证日本在美苏对抗中与美国结成可靠的联盟。为了满足军方的要求，国务院工作小组在1949年10月提交的全面和约草案中，提出了美国继续对包括部分琉球群岛在内的一系列岛屿的托管权，以及通过一个预先约定的日美安全条约，以保证美军在占领终止后仍然留在日本。同时，为了引诱中国和苏联接受这个条约，准备拿台湾和南库页岛作为代价。如果苏联和中国仍然反对，美英则应该单独对日媾和。在双方激烈的争论中，杜鲁门表示倾向国务院的意见，远东盟军总司令麦克阿瑟在华盛顿的代表也极力支持国务院的方案，只是强调美国必须控制台湾。但由于包括英国在内的许多国家正在考虑承认新中国的问题，不赞成片面媾和，更反对美国独占日本，参谋长联席会议和国防部坚持认为对日媾和的时机尚未成熟。[19]

这里有一个逻辑的链条把对日和约问题、台湾问题和中苏关系的状况连接在一起。从上述争论的内容分析，如果分裂中苏的“楔子战略”成功，苏联的势力就不会很快扩展到亚洲，控制台湾的问题也将继续排除在美国远东战略防御的考虑之外；新中国在美苏冷战中保持中立态度，肯定会得到更多国家的支持和承认，把中国（甚至苏联）排除在外的单独媾和的方针就更加难以推行；由于亚洲局势的相对稳定，美国独占日本和把日本纳入反共同盟的做法就会遭到包括日本在内的更多国家的反对，按照美国军方意愿实现对日和约的可能性也就相对减弱。果真如此，美国决策层内部关于对日媾和方针乃至整个亚洲政策的争论无疑还会继续下去。然而，苏联对美国的这一策略早有警惕。早在新中国建立之初苏联就得到消息说，美国曾经有一个“把中共变成第二个铁托集团”的计划，目前美国间谍机构在华活动的首要任务就是“破坏中苏之间的友谊”。此后，莫斯科又不断收到类似的情报。[20]这些消息对斯大林无疑是一种极大的刺激。特别是在中苏谈判期间，杜鲁门关于不干涉中国内政和台湾问题的声明及艾奇逊指责苏联欺负中国的公开讲演传到了莫斯科，斯大林更加焦急，他立即向毛泽东转交了艾奇逊讲话的全文，希望中苏共同对此做出反应，并要求中国政府首先发表声明。[21]至于毛泽东为什么坚持以新闻总署署长的名义发表声明尚不得而知，但斯大林对此大为不满并指责毛泽东打乱了原定步骤，却充分说明他对这一问题的重视程度。[22]惟其如此，斯大林才一再对中国做出重大让步。中苏双方经过艰苦的谈判，终于在毛泽东抵达莫斯科两个月后缔结了同盟条约。[23]中苏同盟把尚未形成的美日同盟看作其在远东的未来对手，条约中还特别提到双方保证要“经过彼此同意”，“共同取得对日和约的缔结”，[24]其结果是为美国内部的和解创造了条件。国务院在台湾问题上受到极大压力，不得不作出让步。同时，对日和约问题更加显得紧迫，也促成单独媾和及早媾和的观点占了上风。

就在中苏同盟条约公布的第二天，麦克阿瑟司令部的外交发言人宣布，“必须采取果断行动与日本单独签订和约而无须俄国参加”。[25]3月23日，陆军部副部长沃里斯也向国务卿艾奇逊提出备忘录，主张在媾和后恢复日本在外交、内政两方面的主权，但在军事上仍保留盟军总司令部，占领军亦留驻日本，保持半占领状态，以备不时之需。[26]此时，国务院和国防部之间关于日本媾和问题的意见正渐渐趋向一致，双方在几个原则问题上的分歧已经基本解决，特别是在占领期结束后允许日本恢复有限武装和少量武器生产，保持美国在日本的基地及驻军权利等方面，但在媾和的时机和具体条件等问题上还有分歧。[27]在沟通和弥合双方意见的过程中，新任国务院高级顾问并负责主持对日媾和事宜的杜勒斯以及主政东京的麦克阿瑟发挥了重要作用，他们的共同主张是在中苏结盟的背景下，把美国对日政策与对台政策捆绑在一起。

4月7日杜勒斯提出，安全问题和基地问题可以通过美日双边协定解决，而核心问题是尽快结束占领，给日本主权，否则，如果日本反美，那么不论美国在日本有多少驻兵和基地，都将失去其作用。此外，如果美国、日本和太平洋友好国家组成某种共同防御体系，对日和约无论是否得到苏联的支持都不会有问题。[28]5月18日杜勒斯再次提出，为了保证亚洲不落入共产党之手，当务之急就是“中立台湾”和让日本独立。[29]受到杜勒斯的影响和鼓励，助理国务卿腊斯克在5月31日关于东亚新政策的报告中认为，中苏条约的签订证明美国1月份宣布的台湾政策已经失败，现在必须采取新政策，即美国用武力保护台湾，使台湾中立化。具体步骤是，首先让蒋介石“退休”，然后对台湾实行托管，继而派第七舰队进驻台湾海峡。