相比之下，中共宣布调整知识分子政策以后，在政协会议上的发言中，这方面的批评和建议就少得多了。何思源以他在四川考察看到的情况，批评某些地区、单位和干部“以一种关门主义倾向对待知识分子”。年纪较大的知识分子，因历史比较复杂，“在政治上得不到信任，使这些人抬不起头来”，“甚至在业务上也对知识分子加以怀疑”。[143]罗隆基提到，6年来，在社会科学领域，由于安排和使用遇到了困难，极少数从旧社会过来的高级知识分子闲散在社会，因而，有比较多的苦闷，有人产生了“不如归去”的想法。他还说，“现在还有一些高级知识分子存在着不同程度的作客思想”。[144]不过，即使像这种从局部和基层角度提出的批评，在200多篇发言中也是凤毛麟角。这表明知识分子对中共政策的调整力度是有保留意见的，至少在发言中是有顾虑的。由于中共没有对过去的政治运动作出检讨性总结，知识分子即使心存疑问和不满也不敢表露出来，更不可能对中共知识分子政策提出总体性评价。例如批胡风和肃反运动，这在当时是严重摧残知识分子心灵的政治斗争，执政者本应对此有所检讨。但就在这次政协会议上，最高人民法院院长董必武在有关肃反的专题报告中，却对这场运动给予全面肯定，甚至提出要“继续坚决地、深入地进行肃清一切暗藏反革命分子的斗争”。[145]结果，在会上听到的是一片自我批评和检讨之声。梁漱溟自责“抗拒批评……真是不堪造就！”“深深抱恨自己过去是太辜负主席爱厚之意了！”[146]梁思成批判自己在都市规划和建筑设计上“一贯地与党对抗”，积极传播“错误理论”，“使得建筑界中刮起了一阵乌烟瘴气的形式主义、复古主义的歪风”种种。[147]这些明显地自我上纲的做法，很难说反映了他们的真实想法和态度。许多发言都集中于反躬自省，检讨自己头脑中还存在着“虚伪的个人自由主义”，“资产阶级唯心主义和个人主义”，“自私自利”、“骄傲自大”、“自以为是”的思想作风，强调知识分子思想改造的必要。因为正如地质学家李四光所说：“只有继续不断地自我改造，才能不落后于时代”。[148]这不能不说是反映了知识分子的一种失望心情。
其原因大概主要有两点：
第一，没有反思和总结对知识分子思想改造中的过火现象，更没有触及知识分子关心的肃反问题。客观地看，当时知识分子，特别是高级知识分子，感情压抑，情绪低落，主要并不是什么生活待遇和工作条件问题，而是在政治上、精神上受到的挫伤。因此，中共要真正解开他们的思想疙瘩，调动他们的积极性，就要对执政后针对知识分子的政治运动进行反思和总结，切实消除其负面影响。但是，知识分子问题会议没有这样做，反而继续肯定几年来所有政治运动的正确性。关于对知识分子的思想改造，周恩来的报告虽然主要倾向是承认“用粗暴的方法对待科学家和科学问题的现象，最近还有发现”，并指出对知识分子的思想改造主要应通过社会实践和业务实践以及一般的理论学习“三条道路”来实现，但不得不紧接着指出，在政治上“不可能没有相当的斗争”，思想上“也不可能没有尖锐的斗争”。报告仅仅指出了党内“一部分同志对于党外知识分子的某些宗派主义情绪”这一现象，而对产生“宗派情绪”的根源却未作进一步的分析。至于知识分子同党之间存在的“某种隔膜”的原因，虽然指出来自“我们的同志”与知识分子两方面，但对前者，只以“没有去接近他们，了解他们”一笔带过，而着重指出的是“一部分知识分子对于社会主义采取了保留态度甚至反对态度”，且列举其表现达9条之多。[149]
陆定一在大会发言中更是不加区别地对发生在1955年的一系列批判大加肯定，如在文艺方面批判胡风、陈企霞、丁玲、俞平伯；在哲学社会科学方面批判胡适、杜威、梁漱溟；在卫生工作中批判贺诚、王斌；在自然科学方面批判“反动的生物学家胡先骕”；在建筑学方面批判“梁思成的复古主度形式主义”，以及肃反运动等。陆定一认为，“这些工作，都是为社会主义革命铺平道路，是为社会主义而斗争中不可缺少的组成部分”。不仅如此，“经过斗争