然而，接下来的运动却日趋激烈。批判电影《武训传》，批判陶行知的教育思想，批判梁漱溟的“九天九地”，批判胡适的唯心主义，批判俞平伯的红学研究，一步步形成了政治围攻，知识界感到的压力与日俱增。这些运动未必能打碎知识分子埋在心底的独立人格和批判意识，但可以迫使大多数人屈服于权威，至少暂时接受新的立场和观念。显然，毛泽东要使资产阶级思想“名声扫地”，事实上也就要先使知识分子“名声扫地”。最严重的和令人不寒而栗的，是1955年由追查胡风反革命集团而引起的肃反运动。根据中宣部长陆定一向苏联通报的情况，在中共中央划定的范围内，工人、职员、现役军人、科学工作者、大学生，一直到乡一级的所有干部，都属于肃反审查之列，拟定全国总共审查1200万人。到9月中旬时，已经“仔细审查了”222万人，其中已查明的反革命分子、叛徒和重大刑事犯罪分子有11.8万人，揭露出11000个集团和派别。[14]这里，最受“关注”的是“500万知识分子和干部”。不但一般知识分子必须参加肃反，大学和中专的学生也必须参加坦白检举运动。高级知识分子的政治历史、社会关系比较复杂，受审查、被牵连的人也就更多。按照中共中央的规定，反革命分子一般地控制在5%左右。[15]这在运动中实际上成了各部门、各地区必须达到的最低目标，而实际人数则远远超出了这个比例。据1956年1月各地向中央汇报的数字，在参加肃反运动人员中被斗争的人，在山西为5.5%，河北6.4%，贵州7.5%，云南9.6%，广西14.1%，有的专区（福建龙溪）内定的斗争对象高达30.9%。特别是对高级知识分子的斗争面更大，如河北省20.9%的教授，20.97%的工程师，都被列为重点斗争对象。这个比例，在贵州省工业厅工程师中竟高达58%。[16]即使那些“在国际上享有盛名”的学者也不能幸免，按照陆定一的通报，在对学术机关进行清查的过程中，拟定受审的著名学者就有250名。不过，“对这些人的审查将通过特殊方法进行”，不让他们参加斗争大会。他们还有用，“对他们应该容忍”。[17]尽管如此，知识分子是情绪还是由不满转化为恐惧，许多人“心惊胆跳”，“畏罪自杀”的事件时有发生。[18]过了近30年，作家巴金回忆起当时的情景还说：这使“我想起了清朝的‘文字狱’，连连打几个冷噤，也不敢做声了”。[19]
1955年秋天以后，声讨胡风和肃反运动最狂暴的阶段过去了。然而，“知识界空气空前沉闷，知识分子心情压抑，意志消沉，政治热情、工作热情受到严重挫伤”。[20]他们不理解共产党为什么要把知识分子作为主要打击对象，为什么思想改造要采取如此暴烈的方式。北京师范大学副校长、著名数学家傅种孙后来回忆说，肃反以后，“最令人伤心的是老同事、老同学间几乎不敢来往，象一盘散沙，没有粘性”。[21]北师大教授董渭川也谈到：“肃反过后，使有些人有了顾虑，愈是相熟的人，见了面，除掉谈谈天气之外，国事、校事一概‘三缄其口’，唯恐被人抓住小辫子，说不定哪一天挨整一番”。[22]肃反运动也打击了知识分子钻研业务的积极性。肃反后期，批判“单纯业务观点”，强调“突出政治”，许多“只问业务、不问政治”的著名学者受到批评，被迫公开检讨。在如此恶劣的环境中，不仅人文社会科学领域的知识分子停止了研究，那些从事自然科学和技术科学研究的知识分子也陷入了极大的苦闷之中。这种现象在文艺界特别突出。30年代的老作家大多搁笔不写，解放区来的作家也屡受批判，文艺作品不但数量少，而且题材狭窄，主题思想概念化，人物刻画公式化，作家“只能撷取生活中的一些片断现象，敷衍成一篇小说”。[23]