感情上确与知识分子有相当隔膜，但毛对知识分子的不信任，与其说来源于他早年受到伤害的心理阴影，不如说来源于中国革命走过的独特道路以及由此而强化的党内民粹主义思想。毛从来不认为知识分子是社会主体的一部分，他的著名的“皮毛”论就是非常典型的说法。在毛泽东看来，中国革命的主力军是工农，知识分子只有通过思想和感情的痛苦转变，实现与工农相结合，才能对中国革命有所贡献。而在旧社会，知识分子就其多数来说，由于其家庭出身、教育背景和生活态度，基本上是依附于地主、资产阶级，依附于旧政权的一群人，让这些具有独立意识和怀疑态度的知识分子实现这种转变谈何容易。
因此，新政权建立以后，毛泽东首先把知识分子看作是共产党整合意识形态的主要障碍和对象，就不难理解了。
毛的看法在中共党内有相当的代表性。最近披露的一份俄国档案记载说：“同陈云对工业战线的资产阶级专家不满一样，郭沫若也对国民党留下的专家表示忧虑。他在1949年10月28日同苏联大使讲过：‘这里有20多所高校。这些大学的学生绝大部分是地主和城市资产阶级的孩子。高校学生中不仅没有工农子弟，甚至连富农的子弟都很少。’郭沫若还对罗申说：‘最糟糕的是科学院的状况，这里聚集了不少旧的保守分子和反动分子。’”但是，中国缺少的就是知识分子，尽管在政治上对他们不信任，却又不得不使用。于是就要强迫皮毛相附，对他们进行强制性的思想改造。1955年1月8日，毛泽东同苏联驻华大使尤金会谈时，明白无误地表明了这种意图。毛说：“（中国）大部分知识分子同马克思主义缺乏联系。他们头脑里有一大堆资产阶级和小资产阶级的偏见。他们还处在资产阶级思想，尤其是从美国人那里继承而来的思想的影响之下。”中共中央制定了计划，用一年的时间，“准备在科学、艺术、文学整个基本方向上，开展反对资产阶级思想和树立马克思主义思想的斗争”。毛泽东还表示了这样的决心：“我们一定要使资产阶级及其思想在党员的心目中和人民群众、非党知识分子的心目中名声扫地，即使不能做到彻底，至少也得使其极大地名声扫地。”他确实这样做了。
无论实际效果如何，在毛泽东看来，到1955年底，他的目标基本上是达到了。经过改造，多数知识分子已经俯首称臣。然而，这种改造也带来了一个不良后果，就是知识分子的普遍消沉。这对实现毛泽东的宏伟设想来说，无疑是一种挑战。毛泽东认为，现在农业取得了主动，资本主义工商业取得了主动，“但是，在知识分子问题上没有主动”。显然，现在轮到知识分子“主动”了。
调查研究：动员全党解决知识分子问题
十人小组成立的第二天，周恩来就邀请中国科学院、建筑工程设计院、北京大学、清华大学、北京医学院、中国戏剧学院的有关人员座谈，了解高等学校和研究机构中知识分子的现状。又请了各门学科的第一流科学家谈话，核实情况。周恩来要求，各省、市、自治区，特别是北京、上海、天津、沈阳、广州、武汉、重庆等大城市，全面调查建国6年来知识分子的变化情况，收集整理出材料。同时要求中央各办、各部、各委、各直属机构指定专人研究这个问题。11月25日，周恩来召集全国政协常委会议，动员民盟、民革、九三学社、民进、民建等各民主党派搜集有关知识分子问题的材料。11月30日，周恩来起草了《知识分子问题》提纲，并审定了一份《关于收集知识分子问题材料的题目单》，其中包括政治和业务状况的估计、对知识分子的信任等12个方面的问题。对于多少有些急功近利的发展需求来说，中共领导人关注的似乎主要是10万高级知识分子的使用问题。1955年12月1日中共中央办公厅专门发出的《关于收集高级知识分子统计数字办法的规定》明确指出，“此次调查统计仅仅限于高级知识分子。”
由于得到了毛泽东的首肯和过问，知识分子问题自然引起各地和中央各部门的重视，在全党上下形成了检讨知识分子工作问题的氛围。12月1日，张闻天在外交部全体干部会上作报告，专门谈了“大知识分子问题”。他提出，“我们对大知识分子是否信任？……我看对到过美国、英国的就不够信任，肃反运动一来对他们就更加警惕。”他还说，大知识分子人数很少，十分可贵，如使用不当就是浪费。一些人就是入不了党，看戏的时候他们坐后面，首长坐前面，对他们尊重不够。应该尊重知识分子，不要对有技术的人总是看不顺眼，对他们的生活方式不能强求一致。中央统战部在召开对资改造座谈会期间，也专门讨论了高级知识分子的工作。李维汉指出，知识分子属于脑力劳动者，以自己劳动收入为生活来源，同资产阶级有根本的区别。应当同志式地帮助他们，充分发挥他们的知识专长为社会主义服务。他提出，对高级知识分子的思想改造，需要经过长期耐心细致的工作，决不能采取简单粗暴、强制的办法。在学术思想批判中，要鼓励自由辩论，允许批评反批评，允许保留个人的意见，不要急于作结论。李维汉还强调，唯心主义和唯物主义是对立的思想体系，但是不能把具有唯心主义思想的专家学者作为“思想敌人”对待。