12月16日，中央十人小组拟就《中共中央关于知识分子问题的指示(草案)》，并下发征求意见。《指示（草案）》明确写道：“目前，党外高级知识分子的政治状况，较之全国解放以前和解放初期已经发生了根本性的变化。……但是，目前党内的主要倾向，却是对于他们的政治变化估计不足，不按照他们的实际工作和政治立场把他们看作劳动人民的一部分，不了解工人、农民、劳动知识分子的亲密联盟是建设社会主义的基本条件，因而同他们之间存在着某种程度的隔阂。……在伟大的社会主义建设时期，为了完成国家工业化和国民经济的技术改造的艰巨任务，每一项工作愈来愈多地依靠科学、文化和技术，也就是愈来愈多地依靠高级知识分子的积极参加。”[48]草案强调了对知识分子的使用和培养，至于思想改造，则相应放宽了政策：对于只有严重错误思想，甚至反动思想，而没有反革命行为的高级知识分子，不应该将他们作为反革命分子对待，而应该采取严肃批评和耐心教育的方针，使他们逐步认识和改正自己的错误。毛泽东在此处加了一段话：“对于这种人，应该给以充分的时间，耐心等待他们的进步”。[49]由此看出，毛泽东此时对解决高级知识分子的思想问题，表现出了足够的自信和耐心。

在这种精神的指引下，中央十人小组一鼓作气起草了“关于科学家研究工作条件问题的情况和意见”、“关于高级知识分子待遇问题的意见”、“关于在知识分子中发展党员问题的报告”、“关于高级知识分子的理论教育工作规划(1956-1967)的初步意见”、“关于解决在党外科学家、教授、医生、作家、艺术家中一部分人社会活动过多和兼职过多问题的意见”、“关于从资本主义国家回国留学生工作分配情况的报告”、“关于科学家研究工作条件问题”，“关于高等学校未开课教师的情况和处理意见”、“关于城市失业高级知识分子的情况”等11个全面解决知识分子问题的专题报告。与此同时，周恩来将在大会所作的主题报告——《关于知识分子问题的报告》也准备好了。1956年1月中旬，关于知识分子问题会议的筹备工作基本就绪。[50]准备提交大会的还有一些地方和部门上报中央的调查报告。[51]

根据中央的指示，各省市都成立了研究知识分子问题的小组，于1955年底召开了知识分子问题会议，并向中央提交了调查研究报告。虽然目前研究者还很难看到这些报告，但新华社编辑的《内部参考》从1955年12月底到1956年1月，陆续刊登了新华社驻各地分社发出的电讯，充分反映了山西、江苏、湖南、广西、北京、上海、重庆、武汉、哈尔滨等地区和城市知识分子状况和党的知识分子工作的情况。[52]1956年1月21日第10期刊登了“各地知识分子工作中的问题”的综合报道。笔者还在上海市、吉林省档案馆看到一些调查报告和总结发言。这些报道或报告都是在《中共中央关于知识分子问题的指示(草案)》下发后写出来的，对于知识分子的基本判断没有超出中央的口径，检查知识分子工作中存在的“缺点和偏向”，也基本上限于“估计不足、信任不够、安排不妥、使用不当、待遇不公、帮助不够”六个方面。尽管如此，仍然为研究者了解当时中共与知识分子的关系以及知识分子的思想状况，提供了许多有价值的材料。

各地检查知识分子工作都立足于这样一个基本的政治判断，即认为经过一系列的政治运动和思想改造，党外高级知识分子的政治状况已经发生了根本性变化。如吉林省委宣传部长宋振庭1955年12月25日在省委知识分子问题会议上的发言中说，“全省高级知识分子的队伍面貌发生了极大的变化，不仅和解放以前不同，和解放后的初期，都有所不同”。全省1699名高级知识分子中，进步分子大体上要占40%左右，中间分子大约占35%左右，落后分子大约占20%左右。反革命分子和思想反动分子一般不超出5%到10%。[53]来自重庆市的报告说，重庆2460多名高级知识分子，其中“积极分子和中间分子占绝大多数”。重庆大学讲师以上人员114人，其中进步分子54人，占47.4%；中间分子43人，占37.7%；落后分子12人，占10.5%；坏分子和反革命嫌疑分子仅占4.4%。[54]云南省的估计比较悲观,认为全省高级知识分子中进步的仅占20-30%；中间的占30-40%；落后的仍占20-30%；反革命分子约占5%。[55]江苏省的估计是，进步的知识分子约占50%，中间的约占35%，落后的（包括少数反革命分子在内）约占15%。[56]这些数据是否准确和可靠不得而知，但无论如何，在高级知识分子中进行政治排队的做法本身，就说明中共在整体上还是把高级知识分子视为异己力量的。不过，有一点与以往不同：各地的分析都承认，高级知识分子的政治状况与解放前和解放初期相比有了很大进步，积极分子和中间分子增多，落后分子和反革命分子大为减少。正是基于这种估计，各级党委的关注点，从警惕知识分子的思想动向，转向检查自己在知识分子工作中的“缺点和偏向”。

各地反映出来的问题，概括起来有三个方面。