一是政治上的信任问题，即所谓“估计不足、信任不够”。从各地反映的情况看出，尽管高级知识分子大多或主动或被动地表示了对新制度的顺从，仍然难以取得中共各级党组织的信任。普遍的反映是，干部对知识分子建国以来政治上思想上的进步“估计不足”。一些人以“江山好改，本性难移”的思想一成不变地看待知识分子。[57]上海的材料反映，对知识分子中政治历史和社会关系的问题，常常不加分析地与反革命问题混淆在一起，对“落后表现与反革命表现常常区别不清”，“运动中打击面过宽”，“可以不伤感情的人也伤了感情”。“三反”时，华东纺织管理局的技术人员“差不多有四分之一的人被不同程度斗争过”。[58]不仅对高级知识分子不信任，对中、小知识分子包括农村中小学教师也同样如此，甚至更为严重。如1955年12月江苏省第三次农村宣传工作会议上反映，“一般干部都认为知识分子是地主、富裕和资产阶级出身，历史复杂，不可信任”。“邳县有200多小学教师无选举权”。有些地方谈到知识分子时“先问成份”，如是地主、富农成份，则“罪加一等”。[59]

这种普遍而又根深蒂固的不信任，除了受中共对知识分子总体估计的影响外，也来自工农出身的党员干部对知识分子感情上的隔膜。在那些干部中，对知识分子普遍存在双重心理：一是轻视，二是害怕。江苏的材料反映，有些人一方面把曾在英、美等国家留过学的老教授、研究员、工程师等看作是“资产阶级的样子，官僚主义的架子”，工程师是“签签到，批批号，到期拿钞票”的人；一方面又“认为知识分子难领导、难相处”，“不敢对知识分子做报告，不敢和高级知识分子接触”。南通县宣传部长说：“到中学去有顾虑，感到没话讲。”[60]陕西流传的一个说法十分典型：许多党员负责人认为，高级知识分子“看起来不顺眼，用起来不顺手”。[61]

中共干部的不信任，使知识分子，包括积极靠近党的知识分子，都感到有一道难以逾越的鸿沟。华东纺织管理局一级机电总工程师陆芙塘说出了许多人的心里话：“我们和领导之间，总有一条鸿沟，虽宽窄不一，但都是有的，有些同志很想靠近党，（但）好像党有些不愿伸手的样子。”纺织一厂一个技术人员说的更直接一些：“我们和领导同志之间是面和心不和，见面都很客气，但从来没有深谈过。”华东纺织管理局的调查报告认为，“这些话相当普遍地反映了目前我们党的领导者和技术人员之间的一般关系”。[62]重庆市反映，不少高级知识分子认为“领导上把自己当外人看”，“组织上不信任”，因而“作客思想”甚为普遍，“好像只是帮党的忙似的”。[63]广西民盟副主委石兆棠说：“在新时代里，知识分子像一个新嫁娘，又喜欢，又害怕，想骄傲，又自卑。翁姑、小姑那么多，找缺点的人毕竟多，给予同情关怀的人毕竟少，这样三天下厨打烂碗的机会也毕竟多一些了。”[64]

各地反映的另一个情况是，在高级知识分子加入共产党的问题上，中共各级组织普遍采取了关门主义的政策。北京市高级知识分子最多，有15000人以上，其中许多是国内外著名的学者、教授、工程师、医师、作家、艺术家，仅科学院的学部委员就有153人。新中国成立后，北京的高级知识分子有400多人加入了共产党，在全国是最多的。但即使如此，同样存在着关门主义的倾向，不少人虽“再三申请入党，也没有被接受”。如北京大学，只发展了极少数的教授入党，且以种种原因使他们四、五年不能转正。[65]其他省、市更是如此。重庆市西南师范学院和西南农学院曾有16位教授写了入党申请书，不少老教授表示“以余年献给党”，却始终没有得到党组织的青睐，不少单位没有发展一个党员。全市8所大专学校的259名教授中，只发展了一个党员。[66]南京市9个高等学校没有吸收一名教授入党。[67]湖南也是全省没有吸收一名教授，[68]河南省也只发展了一名教授。[69]江苏有些县委组织部甚至在布置工作时公然宣布“在教师中不建党”。[70]这种关门主义使许多要求进步的知识分子很受挫折，难怪哈尔滨市有高级知识分子说，“捧着猪头进不了庙”。