二是对知识分子的使用问题，即所谓“安排不妥、使用不当”。政治上的不信任，自然影响到对知识分子的使用。高级知识分子用非所学，专业知识和技术专长得不到发挥的现象不是个别的。更不可思议的是高级知识分子的失业现象。据薄一波讲，中共中央专门组织人员进行调查，写出了许多有关的专题报告。如一位擅长水墨花鸟画教学的著名画家、教授，所在美术学院却不让他开课，而派他到图书馆去写书签，到陶瓷科去画瓷碗，后来干脆由工会安派他去给教职员工买戏票。上海第一重工业局业务处有23名工程师，其中16人被安排做行政工作。一位在学术上有建树的甾体化学家，却被分配做应用化学方面的工作，使他有“硬逼木匠去种田”之感。有些科学家、教授的社会活动过多，如著名科学家钱三强当时很少有时间从事科研工作，内心十分苦闷；协和医学院妇产科教授林巧稚在校外兼职多达13项，严重影响她的医疗、教学和研究工作。据北京、天津、广州等128个城市统计，失业的高级知识分子竟有3005人。[72]这种现象在新华社的《内部参考》中也有大量反映，失业或用非所学的情况如：广东大埔县有一个留学比利时的工程师得不到工作安置；佛山市重修“祖庙”时，本来应负责雕塑墙画的雕塑家布柏生，却在建筑工会里当一名杂工；海丰县有9个大学生当了售货员；佛山市共有24名大学程度以上的知识分子，其中有14人失业。海南地区有的部门分配大学生做记账、收发或挂号工作。[73]马祖铭曾在北京大学做过中文教授，江苏徐州地委却分配他在工农干部学校教初小的语文，结果学员们在上课时听不懂，就批评他：“大学教授连初小都教不好”。苏州市把做过大学教授的沈维钧，分配在园林管理处做办事员。[74]兼职或社会活动过多的情况如：江南水泥厂的工程师张阳谷，一个星期参加了29个大小会议；南京大学校长潘菽，身兼11职，经常在外面跑；南京师范学院院长陈鹤琴，身兼16职，一个学期只有三分之一的时间在校工作；南京农学院院长金善宝，过去身兼18职，现在兼13职，别人都说他是“会议校长”。[75]而西北医学院院长侯宗濂，兼职竟达24个，一年有七、八个月在外面开会。[76]有的老教授因为科学研究时间太少，心情十分苦闷。天津棉纺二厂的技术干部的技术工作时间仅占20-30%，有时一个人一天开五六个会，有的车间主任四天不下车间，光开会。[77]如此等等。

这种高级知识分子用非所学甚至失业的状况，是对奇缺的人才资源的极大浪费。还有一种令人不能容忍的隐形浪费现象，就是许多知识分子虽在其位，却不能谋其事。武汉市反映，“在工厂内部，有的工程师可以参加画圈，但不能下现场。在学校中有的可以在课堂上教课，但不能到工厂实习，使一批人惶惑不安。大学里系主任不如系秘书（党团员）有权。”[78]哈尔滨市反映，“在学校中，有些非党系主任的意见，党员干部说‘没接到党的通知’就不执行”。有的工厂“高等技术人员提出的合理化建议，往往不研究，不采纳，一律认为是不愿学习苏联先进经验。”[79]山西省的材料说，太原矿山机器厂科研人员的成果得不到尊重，“有的对技术问题采取少数服从多数的方式进行表决”。[80]

三是知识分子的待遇问题。涉及这个问题的材料不太多，反映的情况也不尽相同。有的省市认为在这方面问题不大，如重庆市反映，多数高级知识分子对生活待遇没有大的意见，他们认为，“国家的钱的确用到建设上去了，一般党、政负责同志和工作人员生活也是艰苦朴素的，今天的生活比起解放前十来年，已经算不错了。”天津有些高级知识分子也认为，生活待遇“比抗日战争前是降低了，但比供给制干部就没话可说了”。但这很有可能是不真实或不全面的反映，因为在同一篇报道中还谈到：家庭人口多生活有困难的，“虽有意见，但不敢公开讲”。[81]有些省市则反映出强烈的不满情绪，所提意见主要有两个方面: 一是没有正常的晋级制度，一是待遇差别不合理。江苏省有些人对6年来不晋级“很不高兴”。[82]太原钢铁厂32个工程师中只有两人升了级，20多个一级技术员没有一人升级。[83]安徽、河南等省都反映，缺乏工程技术人员的技术标准和妥善的晋级制度，很多人长期得不到晋级。[84]此外，武汉的工程师、教授普遍反映,工资待遇地区差别和工程之间差别很大，东北、上海同一级别的工程师、教授的待遇比武汉高。